La línea era propiedad originalmente de un grupo empresario argentino que obtuvo una concesión del Gobierno provincial y fue inaugurada el 9 de julio de 1866, contando únicamente con un ramal de 9,85 km entre la ciudad de Gualeguay y el Puerto Ruiz sobre el río Gualeguay. Fue la primera línea en utilizar la trocha estándar (1,435 m) en Argentina. El Puerto Ruiz operaba como puerto del ultramar y la construcción del ferrocarril facilitó las operaciones de exportación y el traslado de productos entrerrianos a Buenos Aires.

La inauguración del Ferrocarril Primer Entrerriano por el gobernador de Entre Ríos José María Domínguez se dio en el marco de la guerra de la Triple Alianza y se produjo el día en que se cumplía el 50° aniversario de la declaración de la independencia argentina (9 de julio de 1866).

La locomotora a vapor Gualeguay (luego rebautizada como La Solís) realizó el viaje inaugural trasportando desde la estación Gualeguay al gobernador y a los accionistas de la empresa. El ferrocarril operaba con un servicio diario de pasajeros y cargas, traccionado por las locomotoras Gualeguay y Urquiza. En su primer año de funcionamiento el ferrocarril transportó 5540 toneladas de carga y 8850 pasajeros.

En 1872 y en 1874 fueron incorporadas dos locomotoras de la marca alemana Krauss, las cuales más tarde fueron declaradas inservibles al momento de ser transferido el ferrocarril a la empresa británica que lo compró, que solo incorporó a La Solís.

Esta locomotora es conservada en nuestra ciudad y expuesta junto a la avenida El Primer Entrerriano, frente a la estación Gualeguay.

En 1868 una creciente extraordinaria del río Gualeguay paralizó al ferrocarril por 7 meses, solicitando la empresa la ayuda del Gobierno nacional para evitar el colapso financiero debido a sus deudas con el Banco Benítez. La ley nacional n.° 425 de 27 de septiembre de 1870 autorizó al Gobierno nacional a suscribir nuevas acciones del Ferrocarril Primer Entrerriano, empresa que no tenía buenos resultados económicos.